Ich vermute einen Denkfehler. Wenn du einen 4-Pin PWM Lüfter an einen 3 Pin Anschluss steckst, hängt der 4. Pin (PWM) frei und hat gar keinen Kontakt. Er wird dann wie ein 3 Pin Lüfter betrieben. Probiere das einfach mal aus, dann merkst du es.
Und das andere auch alles probieren. Ich würde jetzt einfach mal behaupten, dass jedes Mainboard, jeder Hersteller, die Lüfter verschieden regelt/steuert. Manche regeln nur den CPU_FAN und lassen den Rest ungeregelt laufen, andere haben zwei PWM und zwei 3-Pin, andere wieder einen PWM, steuern die restlichen über eine Mainboard-Temperatur, usw.
Zu deiner Frage, du kannst auch den CPU-Lüfter an einen anderen Anschluss stecken, du musst dann halt umdenken, wenn du die Drehzahlen ausliest oder etwas anhand von Temperaturen einstellen möchtest. Es geht aber. Was auch noch ginge, alles an den CPU_FAN. Wenn dir der zu schwach aufdreht, weil die CPU zu kalt ist, stell ihn doch einfach im BIOS stärker ein. Und zwar so, dass die Gehäuselüfter dir schnell genug sind. Die CPU kannst du dabei nicht unterkühlen.
Welches Board hast du eigentlich und hast du die Lüfter überhaupt schon angeschlossen. Was passiert, wenn du deine 4-Pin-Parallel-Montur an 3 Pin steckst? Probier es einfach aus.