Je nach dem wie Du Deine Bachelorarbeit schreibst, kannst Du die Plots (und Fits) direkt in LaTeX machen — zum Beispiel mit pgfplots und gnuplot Backend. Der Vorteil ist, dass Du direkt aus Dateien plotten kannst und Du keine Drittsoftware brauchst, um die Größe der Plots nachträglich zu verändern. Außerdem übernimmt LaTeX die Beschriftung, was deutlich besser aussieht als Excel, gnuplot, Origin oder was auch sonst.
Ich würde Dein Problem mit awk lösen, das müsste in einer Bash ausgeführt werden; geht zum Beispiel über das Sublinux in Win 10.