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Du willst doch im Prinzip nicht am Programm selber ändern sondern nur die Inhalte der Dateien.
Dafür kannst du C nutzen. Die Frage ist aber wie du das Ganze nachher implementieren willst.
Startest du jedesmal dein Programm bevor du uToorent startest?
So wie er das schreibt will er doch am Programm selber nichts ändern sondern nur in den Dateien den Ort ändern an dem sie aktuell abgelegt sind.
Also vor dem Aufruf des Programms alle torrent-Dateien überprüfen welchen Eintrag sie enthalten und entsprechend anpassen.