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Wenn du Geschwindigkeit haben und die Kompatiblität zu Windows 9x nicht aufgeben willst, dann solltest du FAT32 wählen, bei allen anderen Sachen NTFS5, da du hier auch wesentlich bessere Sicherheitsfunktionen hast. Auch DiskQuota-Vergaben sind nur mit NTFS5 möglich.
Wenn du auf Win9x-Kompatibilität verzichten kannst, dann nur NTFS.
Es gibt aber auch Treiber mit denen man von Win9x auf NTFS Partitionen zugreifen kann.