Das ist echt schwer zu diagnostizieren, dein Problem, bisher stimme ich mit fast allen Tipps hier überein.
Zu den Heatpipes: "Innerhalb von Heatpipes wird mit Kapillaren nach dem Dochtprinzip die Flüssigkeit zum Verdampfer zurückgeführt. Das kondensierte Fluid fließt daher lageunabhängig in der Kapillare zurück zum Verdampfer. Heatpipes arbeiten daher auch unter Schwerelosigkeit.
--> Fazit, die Lage des CPU Kühlers ist egal.
Was mich mal noch interessieren würde ist, die genaue Bezeichnung und die Drehzahlen deiner Gehäuselüfter und deines Cpu Lüfters (Hast den Stock Lüfter drauf gelassen). da könnte man mal schauen wie viel Luftdurchsatz die Dinger haben.
Mach doch mal HW Mon drauf, lass ein bisschen laufen und mach einen Screen:
http://www.cpuid.com/softwares/hwmonitor.html
Wenn du in den Energieoptionen von Windows7 in Erweitert an der Minimalen CPU Frequenz gedreht hast, stell die minimale bitte auf 100% damit das Ergebnis aussagekräftig ist. Wenn Win7 die CPU underclocked und volted dann ist das Ergebnis natürlich niedriger als es bei 100% CPU Takt/Volt wäre.
Ein Screen in dieser Richtung hier wäre vielleicht interessant, da siehst du auch ob Windows deine CPU underclocked und was deine Lüfter so treiben:
http://db.tt/85cH8xn
Wenn du eine Digicam oder ein Handy zur Hand hast mach mal ein oder zwei Bilder von deinem PC Innenleben. Das könnte auch helfen.
Grüße
sheng