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Ich habe auch ein Fractal Design R4. Bei mir laufen die USB 3 Ports nur mit USB 2. USB 3 Geräte werden gar nicht erkannt. Auf einem Asus H97 Board. richtig angeschlossen im internen USB 3 Hub. Ich bin dem nicht weiter nach gegangen, weil ich USB 3 an der Front nicht brauche.
Zumindest habe ich dir gesagt, wie du es auslesen kannst. Schon probiert?
Einfach mal die Kabel vom Frontpanel auf dem Board hin und her stecken. Manchmal geht es nach einem Wackler schneller oder langsamer. Und bloß nichts gegen Fractal sagen, da wird man hier gesteinigt.