GUIs kamen in den 1980er Jahren auf und lösten weitgehend die bisherige Bedienung per Kommandozeile im Textmodus ab. Die Entwicklung der GUIs ist eng mit der Computermaus verbunden, mit deren Hilfe am Bildschirm ein grafischer Mauszeiger an Stelle einer Einfügemarke (englisch cursor) dargestellt wird.
Die Entwicklung dessen, was wir heute als GUI verstehen, erfolgte ab 1973 am Palo Alto Research Center (PARC) der Firma Xerox. Zuerst verwendet wurde es im Xerox Alto, die erste kommerzielle Verwendung folgte 1981 im Xerox Star. 1983 erschien Lisa des Computerherstellers Apple, der allerdings keinen Markterfolg hatte. Das Nachfolgemodell, der ab 1984 produzierte Macintosh, war hingegen erfolgreicher.
Mit dem Macintosh, dem Atari ST und dem Amiga erlangten GUIs eine weite Verbreitung und sind seit dem Erfolg von Windows der Firma Microsoft heute de-facto-Standard beim Arbeiten mit Personalcomputern. Auf Workstations ist der Standard bis jetzt noch das etwas in die Jahre gekommene CDE wird aber wohl von GNOME beziehungsweise KDE in den nächsten Jahren abgelöst.