@birtuma: Das ist ein Totschlagargument.
Die Ursache deiner Beobachtung liegt nicht in einer besseren Sicherheit von Linux-Desktops ggü. WIndows-Desktops. Einzig und allein weil der Linux-Desktop ein zu uninteressantes Ziel ist, passiert damit so wenig.
Die Bugs in typischen Desktop-Anwendungen wie Firefox, Flash, Java-Plugin, vlc, Acrobat-Reader (ja, viele Desktop-Linuxer verwenden den Nonfree-Kram) sind selten Windows-only Bugs sondern betreffen auch Linux. Da der vom Angreifer eingesetzte Schadcode aber in der Regel OS-spezifisch ist und das OS auf dem Desktop mit über 90% Wahrscheinlichkeit Windows ist, kümmern sich die meisten Hacks nur um Windows. Es wäre uneffektiv, sich zusätzlich um das restliche Kleinvieh zu kümmern.
Linux in einer 0815-Installation für den Desktop, (d.h. ohne Erweiterungen wie z.B. ein restriktiv konfiguriertes SELinux) und Windows sind sich von der Architektur her hinsichlich Sicherheit für Desktop-Nutzer sehr, sehr ähnlich. Nahezu jedes Loch in einem der vielen Desktop-Programme versetzt den Angreifer in die Lage, die kompletten Rechte des gehackten Nutzers zu bekommen. In dem Punkt ist die 0815-Linux-Installation keinen Deut besser die 0815-Windows-Installation. Das Problem ist bekannt, erforscht und es stehen Abhilfen zur Verfügung, kommen aber in der Praxis kaum zum Einsatz.
Schau dir als "Beweis" dieser Theorie ein Umfeld an, in dem Linux Marktführer ist: Server. Dort erlebt man Hacks ohne Ende, wenn man die Kisten nicht abschottet oder wirklich intensiv pflegt. Linux-Server sind eben ein attraktives Ziel - genau wie Windows-Desktops.