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Müsste eigentlich daran liegen, dass dein Inhaltsverzeichnis die Formatierungen der Überschriften aus der Arbeit übernimmt. Unterschiedliche Schriftgrößen und fett führen dann dazu, denke ich. Mach das mal einheitlich und berichte wieder.
War Quatsch, was ich sagte, das ist irrelevant. Mhh...
Ich denke, es wird oben an dem Tabstop liegen. Habe MS Word für den Mac, und da kann man oben am Lineal pro Verzeichnisebene andere Einrückungen festlegen.
BTW:
Es lohnt sich, wenn man sich mit LyX (kostenlos) beschäftigt.