Der Sysvol Ordner ist ganz und garnicht leer und sollte auch auf FAT Partitionen existieren. Windows speichert darin unter anderem die Snapshots für die Systemwiederherstellung (aber auch noch einiges anderes, weshalb der Ordner auch unter Win2k und Win2k3 existiert, die ja keine Systemwiederherstellung im klassischen Sinne haben).
Lass die Ordner in Ruhe, die gehören auf jede Partition. Wenn Du deren Inhalt "löschen" willst, dann deaktiviere die Systemwiederherstellung oder lösche alle Wiederherstllungspunkte im zugehörigen Tool.
Dass Du den 2. Ornder nicht mehr löschen kannst liegt wohl daran, dass die NTFS-ACLs es Dir nicht gestatten. Einzige Möglichkeit die mir einfällt wäre die Wiederherstllungskonsole und ihn dort via Commandline zu entfernen. Da ich aber die Wiederherstellungskonsole noch nie verwendet habe, weiß ich auch nicht wies genau läuft.
PS: die Wiederherstllungskonsole ist standardmäßig nicht installiert. Entweder Du installierst Sie von der Windows XP CD (musst nachschaun wies geht) oder Du bootest von der XP CD und wählst dann "Betriebssystem reparieren". Danach startet er auch die Recovery Console.
PPS: Der Sysvol Ornder gehört nicht zu NTFS - NTFS verhindert nur den Zugriff darauf

- mit FAT muss es ihn eigentlich auch geben. Vielleicht heißt er dann anders und/oder ist irgendwo im %sysmteroot% versteckt, aber ein Äquivalent muss eigentlich auch exisitieren.
Und hier die Antowrt auf Diene Frage:
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;en-us;309531
Der Sysvol Ordner existiert sowohl auf FAT als auch auf NTFS Partitionen. Da FAT aber keine ACLs hat kannst Du ihn dort löschen.
Bei NTFS musste nen Rechtsklick auf den Ordner machen, auf Sicherheit klicken und dort Dein Benutzerkonto und die entsprechenden Rechte hinzufügen. Damit die Sicherheitskarte angezeigt wird, muss die einfache Dateifreigabe und die einfache Ordneransicht deaktiviert sein.