hostile meinte auch, dass du bei dem apache und dem ftp einstellen kannst, welcher user den dienst starten soll, auch wenn du den nun als root startest
also folgende vorgehensweise:
1. such die 2 benutzer aus (ftp/www-run, oder erstelle 2)
2. such dir eine gruppe aus (www-run z.b.)
3. mach auf die ordner, die du einzeln zuweisen möchtest folgendes:
chown -R 'benutzer1':'gruppe' '/ordner'
4. mach das auf den andren ordner auch, nur dann statt 'benuter1' eben den 'benutzer2'
5. auf diese ordner machst du nun ein
chmod -R ug+rwx '/ordner'
6. und zur sicherheit auch nochmal ein
chmod -R o-wx '/ordner'
so... jetzt gehört alles was dem apache gehören soll dem apache und bei ftp genauso.
aber auf die ordner der beiden kannste mit dem jeweiligen andrem auch (wegen der gemeinsamen gruppe) zugreifen.