Kannst du das Spiel im Fenstermodus spielen und den Taskmanager dabei laufen lassen? Schau dir mal nebenbei die Prozesse, nach CPU Auslastung sortiert, an. Gibt es da einen Prozess der alle 10sek Last verursacht?
Unter dem Taskmanager BF3.exe nur 3 Kernen zuweisen und den Punkbuster A und B auf den vierten Kern alleine laufen lassen. Rechtsklick auf BF3.exe und dann auf "Zugehörigkeit festlegen" anklicken, das selbe dann für Punkbuster A und B. Oder der Prozess der alle 10 sek. eine hohe Auslastung verursacht, so auf einen einzelnen Kern separieren.
Vom Gefühl her sind solche solche regelmäßigen Spitzen eine Software (wurde ja schon gesagt). Besonders Software die direkt auf I/O der Hardware zugreift, kann wenn das nicht 100% passt solche Ruckler verursachen. Sprich Software die Thermistoren ausliest, so wie Speedfan, Hardware Info oder auch Tools von Grafikkartenhersteller, Mainboardhersteller, etc.
Was noch ab und an auf manchem System Lags verursacht, ist wenn der Windows Search Prozess rumspinnt. Heißt der Prozess der für das Dateiauffinden zuständig ist, wenn du in Windows was suchst.
Den Findest du unter Sytemsteuerung-->System-->Verwaltung-->Dienste-->Windows Search einfach mal Beenden und dann auf Deaktivieren stellen in den Einstellungen. Die Suchfunktion unter Windows geht dann zwar nicht mehr aber du weißt ja warum.
Das war's erst mal von mir mit "in's Blaue raten"

. Wenn mir noch was einfällt schreib wieder.
Edit: Raidsoftware installiert? Im "Hochleistungsmodus" unter Erweiterte Optionen die Festplatten noch auf Dauerbetrieb stellen.