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x38 Boards bieten ja PCI-E 2.0 und halt 2 "echte" PCI-E Slots, d.h. für Crossfire eigentlich optimal. Für dich kann das aber total egal sein. Auch was das Übertakten betrifft nehmen sie sich nicht viel, falls du überhaupt übertakten willst.
Sonst gibt es keine Unterschiede. Wo sind den bitte deine "wahnsinns" Unterschiede?