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Dann dürfte es kein Windows-Problem sein - Vista hat nur Probleme Partitionen in der Größenordnung in FAT32 zu erstellen.
P.S.
Möglicherweise ein Problem zwischen HDD-Firmware und SATA-Controller oder dessen Treiber - sowas trifft dann häufig nur eine Kombination aus Chipsatz und Treiber - da XP32 und Vista64 unterschiedliche Treiber benutzen, ist es durchaus möglich, dass nur eines der beiden Systeme betroffen ist.