Wenn das System v.a. im Idle bzw. beim Surfen oder dem Abspielen von Videos sehr leise sein soll, stellt das kein großes Problem dar. Was lautstärkemäßig unter Last möglich ist, kann man erst dann grob einschätzen, wenn du uns sagst, wieviel Leistung du brauchst.
--> Mach doch einen Kaufberatungsthread im entsprechenden Unterforum auf, dann kann man dir dort mit der Komponentenauswahl weiterhelfen.
Zu deiner HDD-Frage: Eine Entkopplung hilft ein Stück weit, da sie im Idealfall verhindert, dass sich die Vibrationen der Festplatte aufs Gehäuse übertragen. Sie kann aber nicht die Anlauf- bzw. Betriebsgeräusche der HDD an sich vermindern. Ein gedämmtes Gehäuse hilft hier ein wenig, besser wäre aber natürlich eine eigene Dämmbox für die Festplatte. Im Hinblick auf die Geräuschentwicklung wäre es sinnvoll, ein Modell mit 5400rpm statt 7200rpm zu wählen, falls es auf den Leistungsunterschied nicht ankommt. Außerdem würde ich auf eine 2,5"-HDD setzen, da sind die sich bewegenden Massen kleiner, was i.d.R. in einer geringeren Lautstärke resultiert.