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Keine AHnung, wie das bei dem Programm geht, aber mal alles an Hardwaredecoding abschalten, das eben mit Software decodiert wird und dann mal schauen obs was tut.
Ergänzung ()
Bei VLC wüsste ich wo, da einfach bei dem dropdown dann auf deaktivieren und abspeicehrn/Testen.
Blöde Frage: stammen die MKV-Dateien alle von dem selben Piraten?
Das sind ja Pfeile und keine Streifen, vielleicht hat sich jemand einen Spaß erlaubt.
Konvertiere diese MKV in eine anderes Format, evtl. MP4. Vielleicht ist der Fehler dann behoben.