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Netbeans kompiliert normalerweise schon direkt bei Erstellen/Ändern der Sourcen (beim Speichern). Man kann den Build auch zusätzlich manuell anstoßen (Clean and Build).
Die Kompilate werden (je nach Projekttyp) im Projektverzeichnis unter build/classes abgelegt.
Eine komplette Distribution befindet sich im Ordner dist. (Wieder abh. vom Projekttyp JAR/WAR/EAR/...).
Wenn du mit einem selbst installiertem compiler arbeiten möchtest, dann musst du diesen erst mal in Netbeans einbinden und vom mitgelieferten auf den selbst installiertem Compiler umschalten. Oder gleich auf Default einstellen.