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Bei Windows-Eigenen Programmen (wie dem Dateiexplorer) funkioniert das mit einem Shift-Linksklick auf das Symbol (symbol in der Taskleiste). Damit wird dann eine neue, 2. Instanz davon geöffnet. Wenn ein Programm aber selbst prüft und sich dann ggfls wieder schliesst, kann man da nix machen, ausser den Benutzer zu Wechseln (kann klappen) oder über eine VM. Spätestens die VM hebelt den Eigendoppelstartschutz aus.
Keine Ahnung, ob es mit Apps auch funktioniert, aber man kann (tw.?) Programme ein zweites mal starten, wenn man sie zb. über Sandboxie startet. Gerade mit dem MSI-Afterburner getestet, da funktionierts. Vielleicht einen Versuch wert.