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Das ist etwas eigenartig. Zwar wird bei einer Einzelgrafikkarte die Belegung des oberen Slots empfohlen, dennoch sollte die Grafikkarte auch im unteren Slot funktionieren und der Betrieb problemlos möglich sein.
Aber OK, dass es nun wieder läuft und du keine Komplikationen mit Reklamationen hast, ist das Wichtigste.