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Dann nimm die Platte C mal raus und starte die Reparaturinstallation von der Windows Installations CD.
Sie sollte als Master gejumpert sein, die nun booten soll als C, wenn alles richtig ist, steckt die andere Platte wieder rein, auf Slave gejumpert (bei IDE, bei SATA ist das egal), im Bios die Bootreihenfolge einstellen von welcher Platte gebootet werden soll, da muss dann auch die Platte ausgewählt werden, die nun C sein soll.