Also ich habe eine Samsung 3,5 Zoll Platte, die ist einfach zu laut, ein Silencer hat sie zwar runtergebracht, verstummt ist sie nicht. Ich bin so wieso der Meinung, dass man 2,5 Zoll Platten kaufen sollte, sofern man keine 1TB Platte braucht. Diese sind richtig leise, wenn man z.b die Scorpio Blue kauft. Selbst die 5400 u/min fehlt wahrlich nicht ins Gewicht, ein großen Unterschied sehe ich nicht. Was ein Problem bei schwachen Festplatten bekommen kannst, dass das Mainboard einfach die Leistung mindert, habe ich mit meinem ITX H57JG. Die Platte habe ich auch an einem anderen Rechner angeschlossen und sie ist nicht langsam sonder in Ordnung.
Als weitere Lärmquelle, ist leider der Boxed Lüfter. Der kann schon nervend sein, sofern die Steuerung, nicht ihn richtig Steuern kann. Ein Ersatz, ist in deinem Fall unter 50€ schon möglich. Kommt aber immer darauf an, wie der Luftstrom ausgelegt ist. In dienem Fall wäre ein Top Blow Lüfter wohl gescheiter, da dieses Gehäuse dies vorsieht. Bekommst nochmals vieleicht 1-3°C Kühler.
Grafikkarten Kühler sollten meist nach Garantie Gewechselt werden, da dann auf eigene Verantwortung gehandelt wird. Davor verliert man sie mit einem Custom Kühler und es ist im Fall eines defektes ärgerlich mit einem Custom Kühler, Garantieverlust und man hat den Schaden.