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Das geht natürlich, aber du weißt, dass der zweite 16x Slot höchstwahrscheinlich seine Lanes mit dem Ersten teilen muss, oder?
Wenn du also nur den Ersten verwendest, dann ist die Graka mit 16x angebunden. Steckst du deine 1x Karte in den zweiten 16'er werden beide 16'er auf 8x gestellt. Damit ist deine Graka nur noch halb so schnell angebunden.
Wenn es geht würde ich es also vermeiden, aber im notfall ist eine 8x Anbindung der Graka auch nciht sooo schlimm.
Grundsätzlich gilt aber, dass du kleinere Karten immer in größere Slots stecken kannst.