@ApolloX30,
Wie du den Server in der Fritz!Box konfigurierst, ist immer Geschmackssache. Dabei muss man unterscheiden, ob man VPN einsetzen will oder ob ein anderer DNS-Server am Client genutzt werden kann. Um das auszuschließen, gibt es die Möglichkeiten, welche ich bereits mehrfach beschrieben habe. Wenn man dann das Einsatzgebiet genau kennt, kann man entsprechend die Einstellungen auf der LAN- oder WAN-Seite tätigen oder auch auf beiden gleichzeitig. Ggf. noch den Filter auf Port 53 für alle Clients außer dem DNS-Server zusätzlich.
Sofern du aber im Netzwerk bzw. Router IPv6 aktiviert hast, sollte dieses Protokoll auch richtig eingerichtet werden. Einige können diese Option einfach ausschalten, dann hat es sich erledigt. Diejenigen, die es nicht können (Anschluss oder Hardware), können mit dem Deaktivieren der IPv6-DHCP-Server etwas tricksen und dieses ausschalten, sofern dieses unterstützt wird. Da aber irgendwann die Frage aufkommen könnte, bei einem Server/NAS, einen Dienst oder Service online zu stellen, wäre es gleich besser, diesen Trick nicht zu machen. Letztendlich ist das ja auch nur die Geräte IPv6 wie bei der IPv4 in einem passenden Feld einzutragen. Wer grundsätzlich seine Server nur intern verwendet, kann gerne den Trick anwenden, sollte das aber immer im Hinterkopf behalten, sofern die Hardware das unterstützt. Ich sehe jetzt kein großes Problem, ob ich ein paar Klicks mache oder die IPv6 im Feld eingebe. Langfristig ist das die bessere und saubere Variante. Andernfalls kann man auch einfach IPv6 in den Clients deaktivieren.
Das Problem lag hier aber bei der Einrichtung in Verbindung mit der von Synology umgesetzten Docker. Man hätte auch eine IPv6 im Containernetzwerk einrichten können oder auch MACVLAN, was aber wieder andere Baustellen aufmacht. Das alles ist bereits sehr gut dokumentiert, wenn der Hintergrund interessiert. Mit einer nativen Installation (nicht Docker im Raspi) bist du da aber nicht betroffen.