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Öhm.. im Bios gibt es eine rudimentäre Lüftersteuerung wenn ich mich recht erinnere. Aber dauerhaft auf einen festen Wert geht wohl nur mit externen Tools wie Speedfan, falls die Lüfter an Ports hängen die sich von extern steuern lassen. Sind meistens nicht alle die auf dem Board sind.
Eventuell ist die Lüftersteuerung von Analog auf PWM umgestellt worden (hier weniger wahrscheinlich, denn mit Ausnahme einiger Billigversionen verfügen die Boxed-Kühler von INTEL über die PWM-Ansteuerungsmöglichkeit). Oder das BIOS-Setup wurde nach dem Flashen entgegen der üblichen Vorschläge von Gigabyte (in der Art von "Load Setup Defaults" nicht zurückgesetzt. Es würde mich aber auch nicht sonderlich wundern, wenn Gigabyte mal wieder ein BIOS verschlimmbessert oder mit wenig praxisgerechten Voreinstellungen verziert hätte.
Das Gigabyte-Forum ist übrigens nicht der schlechteste Ort für Fragen zu den Nebenwirkungen neuer BIOS - Versionen.