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Du meinst, dass FileZilla, weil er die Passwörter unverschlüsselt speichert, unsicher ist?
Da würde ich mir eher gedanken machen um das FTP-Protokoll, was die Passwörter unverschlüsselt durch die Welt schickt.
Ich würde mir eher Gedanken darüber machen, wieso das unverschlüsselte Speichern von Passwörtern ein Problem ist. Wenn jemand auf die Daten zugreifen könnte, hast du noch ein ganz größeres.