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Schau dir erstmal an ob überhaupt viel mit PDFs gearbeitet wird.. das richtet sich auch imme rnach dem Prof.. gibt einige die machen viel mit PDF, andere nur Tafelbilder ohne Skript... usw usw...
OneNote 2013 kostenlos über DreamSpark laden -> PDFs entsprechend in die Vorlesung importieren -> alles in OneNote machen :-)
Wenn du eigentlich keinen platz für Notizen neben den PDFs brauchst, dann reicht halt auch irgend ein guter PDF Reader (gab ja schon genug Vorschläge).