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Natürlich kann es Schaden anrichten, wenn du einfach irgendwelche Dateien löschst, von denen du keine Ahnung hast, für was sie da sind.
Weißt du denn ob die nicht noch gebraucht werden?
Gegenfrage: was soll es überhaupt bringen die doppelten Dateien zu löschen?
Bei heutigen Festplattengrößen machen doch ein paar doppelte Dateien eh nicht viel aus.
Da wär mir das Risiko mir das System zu zerschießen zu hoch.
Ich hab das Prog jetzt mal bei mir ausprobiert und die meisten doppelten Dateien waren Backupdateien von wichtigen Systemdateien (für die Reparaturfunktion z.B.) oder einfach 0 byte Dateien (die stören ja nicht).