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WizzRSS braucht die History vom Fx um Artikel als gelesen markieren zu können. Falls du die History deaktiviert oder auf nur wenige Tage gestellt hast, könnte das der Grund sein.
Sage ist sehr verbreitet, ich find den aber nicht so toll. Von denen die ich ausprobiert hab fand ich WizzRSS schon am besten. Die Erweiterung hat übrigens eine sehr hilfreiche FAQ und ein freundliches Forum, wenn ich mich recht erinnere.
Als externen FeedReader kann ich übrigens RSSOwl empfehlen, nur so nebenbei, dieser kann nämlich auch die Firefox Engine benutzen.
Normalerweise haben Feedanzeigen ja eine Lebensdauer, so 2 Tage zum Beispiel. Danach tauchen die dann eh nicht mehr auf - also wenn du einen Feed als gelesen markierst dann sollte der das normalerweise schon bleiben, das Problem liegt also möglicherweise doch eher woanders. Prüfe zum Beispiel mal ob dein Profil schreibgeschützt ist.
Dann probier mal die History zu verlängern, auf 14 Tage oder mehr, falls das kein Privatsphären-Problem für dich ist. Find ich auch etwas doof dass WizzRSS da nicht eine eigene Datenbank mitbringt.
Es muss aber nicht unbedingt an WizzRSS liegen. Ich hatte es auch gerade letzte Woche das ein Feed sobald er aktualisiert wurde die alten immer wieder als neu mit geladen hatte so das eine Nachricht 5x drin war nach 1-2 Tag war es wieder weg. Und ich lasse alles löschen wenn FX geschlossen wird.
Als alternative würde ich dir >Brief< empfehlen. Ich hatte worher fast alle RSS Reader für FX Probiert und mir gefällt der am besten.