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Das geht mit TrueCrypt ab Version 6.1 wenn der Datenträger NTFS formatiert ist unter Windows Vista oder 7.
Direkt nach dem auswählen der Partition kannst du im nächsten Fenster (Volume Creation Mode) die Option "Encrypt Partition in Place" auswählen.
Es schadet aber nie vor sowas ein Backup der Daten zu machen.