1. nimm ein standard-kit, gerade bei etwas größeren cases wie dem pc60 auch eher ein big-tower-set.
2. nimm nicht den D, wenn du noch irgendwie regeln willst. das drehzahlband ist viel zu klein, da er schon bei 800 upm wenig fördert und die anlaufspannung liegt bei fast 9V - sprich, eine steuerung mit anlauf müsste her. und ich bleibe dabei: ein günstiger yate-loon hat eine anlaufspannung von unter 5V und ist flüsterleise

3. wenn du dich durch die entkoppler besser fühlst kannst du die sicher nehmen. allerdings sind 2 eu dafür immer noch absoluter wucher und gerade bei vibrationsarmen lüftern wie dem s-flex imo nicht wirklich nötig, wenn du das umliegende alu mit den dämmmatten entdröhnst.
4. ich würde ja ein silent-drive von scythe nehmen

ist so die allgemeine silencer-empfehlung. einfach vorne unten auf etwas schaumstoff/dämmmatte stellen.
5. ich glaube kaum, dass eine lüftersteuerung irgendwann nötig ist

schon mit langsam drehenden lüftern auf 5V kann man eine ausreichende kühlung bewerkstelligen. habe einen deinem sehr änhlichen pc gerade vor ungefähr einem monat zusammengebaut und die temperaturen sind wunderbar (rückseitig einen vom board temp-geregelten yate-loon)
den netzteillüfter zu wechseln ist theoretisch möglich, allerdings gefährlich wegen hoher spannungen und meist auch nicht so einfach. die garantie verfällt außerdem auch noch. leider gehören die liberties nicht zu den leisesten vertretern ihrer art.
gleiches gilt dummerweise auch für den cpu-kühler. in oben erwähntem pc wird der 6750 übrigens passiv von einem sonic tower gekühlt.
die lüfter"gitter" sollte man tatsächlich entfernen. es entstehen wirbel, die zum einen geräusche verursachen und zum anderen den widerstand erhöhen. sprich lauter bei weniger luftdurchsatz, ein absolutes no-go
löcher im boden sind nicht ganz so häufig (ist schon etwas hardcore ^^) wie du vielleicht meinst und bei dir sicher auch nicht ganz so sinnvoll, da du hinten keinen 120er verbauen kannst (imo ziemlich unverständlich, die lian-lis sind ja sowas von breit...), sprich du brauchst den lüfter vorn.
wie sowas aussehn kann siehst du z.b. in
meiner silent-pc-vorstellung.
slot-blenden entfernen hilft vor allem der grafikkarte, allerdings staubt dir die kiste dann auch ganz schön zu und spinnen können sich leichter einnisten.
staubfilter sind gerade dagegen gedacht: gegen staub. dienen eher der bequemlichkeit. man muss eben nur ab und zu den filter etwas sauber machen statt das ganze case mit der hardware drinnen. denn staub ist der natürliche feind des wärmeaustauschs

hat allerdings den nachteil, dass der staubfilter wiederum den widerstand für die luft erhöht (da ist wiederum mein bodenloch ein vorteil, denn ich kann den lufteinlass fast beliebig groß machen, sodass ein luftfilter kaum eine rolle spielt).
ps: meine festplattendämmung ist übrigens recht effektiv, sowohl was lautstärke, als auch die kühlung angeht. meine temps sind vielleicht 3° höher als vorher - allerdings wurden sie da von einem 120er vorn kaltgefönt

ist allerdings nicht so schön wie eine gekauft und lässt sich auch nicht so gut montieren.