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Wenn du ein Konto erstellst, musst du auf der dritten Seite (nach Eingabe von Konto Name und Mail Adresse) den haken bei "Globaler Posteingang" wegmachen.
Dann legt Thunderbird n eigenen Baum mit Eingang, Ausgang, Papierkorb etc für jedes Konto an.
es würde so aussehen... natürlich kannste jedes Konto und auch den Bereich Lokale Ordner beliebig um Ordner und die Ordner um Unterordner erweitern und mails hin und her schieben.