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Probleme mit zwei gleichen Platten kann es nur an USB geben, wenn der Hersteller da z.B. die Modellnummer statt der Seriennummer als Kennung überträgt und damit beide Platten die gleiche Kennung haben.
Wenn die HDDs direkt an das Board an die SATA-Anschlüsse kommen, dann nicht. Ich habe hier 3 Seagate Barracuda 7200.14 2TB im System und noch 2 weitere via eSATA im System angeschlossen und damit keinerlei Probleme.
Werden sie via USB angeschlossen kann es ein, dass es Probleme gibt - siehe Post von 'Holt' diesbzgl..
SSD nach Möglichkeit an den 1. 6GBit/s SATA-Anschluss vom nativ (vom Chipsatz) angesprochenen SATA-Anschluss. Alles andere an die nachfolgenden Anschlüsse. Solltest du die Anschlüsse wechseln, beim nächsten Start ins UEFI/ BIOS und kontrollieren ob das zu bootende LW korrekt eingestellt ist und ggfs. korrigieren.