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Ich gehe eher davon aus, das der Prozess von iTunes sich schwerlich "beenden lassen will" und deshalb deine Herunterfahren blockiert wird, bis der Prozess beendet wurde. Das Ganze kann man z.B. mit "Herunterfahren erzwingen" umgehen, oder Alternativ kannst du auch einfach im "Taskmanager" den Prozess von iTunes selbst beenden, oder was die meisten machen einfach die Zeit bis zum automatischen Beenden verkürzen, siehe dazu folgenden Link: