Dann reduziere das Netzwerk zunächst auf das Nötigste. Das heißt: Minimalsetup mit Fritzbox und einer Handvoll PCs. Anschließend Stück für Stück Switches und weitere PCs dazuschalten. Währenddessen würde ich pihole komplett aus der Rechnung streichen und ausschließlich die Fritzbox als DNS nutzen (mit Provider-DNS oder zB 8.8.8.8 im Hintergrund). DNS hat zwar wie gesagt nix damit zu tun, aber es geht ums Prinzip.
"sollte es daran nicht liegen" ist ein häufig gemachter Fehler. Fakt ist, dass du Probleme hast und Probleme analysiert man systematisch, indem man potentielle Fehlerquellen ausschließt - egal wie unwahrscheinlich sie sein sollten. Nicht ohne Grund hatte ich ja um eine Skizze gebeten, weil du offensichtlichen einen bunten Gerätemix hast, der zudem auf unbekannte Art miteinander verbunden ist.
Nur mal so: Es könnte beispielsweise sein, dass im pihole der DHCP aktiv ist, der dann natürlich einen anderen DNS-Suffix verteilt (wenn überhaupt). Zwar sagt man im Allgemeinen, dass zwei DHCP-Server nicht parallel existieren dürfen, aber das ist nur die halbe Wahrheit. Sind beide DHCP-Server sauber darauf ausgerichtet, können sie sehr wohl dasselbe Subnetz bedienen, sozusagen redundant, aber natürlich mit aufgeteilten Bereichen (zB .100-.149 und .150-.200). Auch das würde nicht das Prinproblem erklären, aber immerhin die zum Teil fehlenden Suffixe - wobei letztere auch daher rühren können, dass diese Geräte ihre IP nicht via DHCP beziehen.
Subnetze, IPs, Namen, ICMP und natürlich die Infrastruktur bestehend aus Switches, APs und Co sind ein komplexes Gefüge, dass aus unzähligen Technologien und Protokollen besteht - alles potentielle Fehlerquellen. Das ist deutlich komplexer als Otto Normal sich vorstellt. Daher muss man systematisch vorgehen und Ursachen aussschließen.
