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Kein Nachteil, du verlierst nur ein bisschen platz. Ist halt einfacher das System wieder neu aufzusetzen da du die eine partition mal schnell formatieren kannst.
Praktisch wird die Geschwindigkeit durch Fragmentation beeinflusst, zumindest wenn Du ein fragmentierendes Dateisystem verwendest (betrifft unter Windows intelligenterweise alle verfügbaren).
Beispielsweise kann sich dieses Problem leicht bemerkbar machen, wenn der Rechner unter Windows, wo es keine eigene swap-Partition gibt, oft swappen muss. Liegen die Daten auf der gleichen Partition kann die zügig voranschreitende Fragmentation der Daten die Lesegeschwindigkeit leicht beeinflussen. Auch ohne swap werden auf der Systemplatte oft kleine und große Dateien geschrieben, so dass die Fragmentierung die Systemplatte normalerweise etwas eher betrifft als eine reine Datenpartition.
Neben dem Vorteil, dass Du das Betriebssystem unabhängig von den Daten neu installieren kannst, bringt Dir eine Datenpartition also den Vorteil, die häufigen Schreibvorgänge auf der Systemplatte auf eine andere Partition verlagern zu können.
Der Nachteil ist eine etwas höhere Inflexibilität was die effiziente Nutzung des zur Verfügung stehenden Festplattenspeichers angeht (unter Windows zumindest), da Du Dich vorher auf eine oder mehrere Paritionsgrößen festlegen musst.
Im Prinzip wird, was Speicherplatz betrifft, 20% fürs OS und ein Paar kleine Programme(tuneup;ts etc.) zur Verfügung stehen und die restlichen 80% für die zweite Partition.
Also gibt es, bis auf den winzigen verlust der Kapazität beim Partitionieren, keinen Nachteil?