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Wenn du trotz versteckter und Systemdateien anzeigen nicht alles siehst, würde ich HLK zustimmen, lad eine Knoppix live-cd und schau mit der auf dein System, dann solltest du eigentlich alle dateien sehen. Die lässt dich z. Bsp. auch auf Systeme Volume Information sehen, was unter Windows nicht geht, verhält sich dann bei anderen Dateien ähnlich.
So solltest du zumindest sehen, wo dein Speicherplatz bleibt.
zu Knoppix: Die iso laden (die CD-Version reicht; https://www.computerbase.de/downloads/betriebssysteme/knoppix/) brennen, und ganz normal von CD booten, wenn du von einem externen Laufwerk booten willst schließe ich mal, dass du keines an dem betroffenen Rechner hast, müsste aber ja trotzdem funktionieren. Prinzipiell geht knoppix aber auch auf einen USB-Stick oder SD-Karte, muss eben vom BIOS unterstützt werden.