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Wenn du den Internet Explorer 11 meinst dann ja, das war auch schon so beim Update von dem IE8 auf IE9, von IE9 auf IE10 und eben von IE10 auf IE11.
Falls du mal ein Sicherung von den Favoriten haben willst, dann gebe im Startmenü von Windows 7 Favoriten ein und öffne dann den Ordner und da kannst du die ganzen Favoriten kopieren und auch auf einen USB Stick packen wenn du willst.