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Eigentlich passen die meisten stecker nur an die richtige Stelle. Schau dir ggf. den Stecker und das Gegenstück an und sei dir sicher du versuchst ihn richtig herum reinzustecken.
Höchstens bei den Frontpanel-Steckern (Speaker, Power-LED, HDD-LED, Reset, Power SW) könnte es zu Probleme kommen, ist aber auch nicht weiter dramatisch wenn man sich an das Mainboard-Handbuch hält.
Wichtig ist, vor Einbau des eigentlichen Boards die Abstandshalter zwischen Gehäuse und zukünftigem Board an den richtigen Stellen anzubringen: nur genau dort, wo dann tatsächlich das Board angeschraubt wird. Je nach Board wirst du es wahrscheinlich an 6 oder 9 Stellen anschrauben müssen. Ich habe schon Leute erlebt, die wahllose viele solche Abstandshalter ins Gehäuse eingeschraubt haben, wodurch dann die Boardunterseite elektrischen Kontakt mit dem Gehäuse hatte ...
Der Anschluß der Stecker ist unproblematisch. Nimm dir Zeit und schau ins Handbuch.