Du zeigst im ersten Post mit deinen Messwerten schon wo das Problem liegt und das deine Wakü grundsätzlich funktioniert.
In der Zweiten Messung hast du, bei offen Gehäuse, eine Wassertemperatur von ca. 36°C beim Primen. Ohne einen direkten vergleich zu haben (hab weder einen Threadripper noch einen 360er Radiator) scheint das OK zu sein.
Die Luft solltest du dennoch mal aus dem System bekommen, da hat nix zu gluckern.
Der geringe unterschied zwischen Vor und Rücklauf bescheinigt dir einen hohen Durchfluss, was mit deinen Angaben übereinstimmt.
Der Radiator gibt die Wärme scheinbar gut ab da, nach dem beendigen der Last, die Wassertemperatur wieder schnell sinkt.
Dein dritter und vierter Test zeigt das du nur ein Problem mit den warmen Luftströmungen innerhalb deines Gehäuse hast, ausgehend von deiner Vega. Auch wenn der 4te Test bei geöffnetem Gehäuse stattfindet sieht man nur zu gut, im Vergleich zum 2ten Test, das dein Radiator nach wie vor die warme Abluft der Vega ansaugt. Der Abstand ist einfach zu gering da bringen dir auch die geöffneten Seitenteile nichts.
Auch wenn mir das Gehäuse eigentlich gefällt, ist deine Anordnung einfach supoptimal. Hätte ich mich für ein Gehäuse entschieden wo ich die WaKü schön präsentieren kann, wäre es ebenfalls das Gehäuse geworden, aber mit einer anderen Anordnung

. Hab mich allerdings gegen die Optik und für die Kühlleistung der MO-RA´s entschieden und direkt die Grafikkarte mitgekühlt.
Wie sagt man so schön, du siehst den Wald vor lauter Bäumen nicht.
Das was du siehst stimmt einfach nicht mit deiner Theorie überein.
Schau dir das Gesamtbild an. Beobachte es. Verändere Sachen und beobachte wieder.
Die Thermik wird sicher etwas mit reinspielen, auch wen ich der Strömungsmechanik den größten Anteil zuspreche.
Studierst du das zufällig?
Die meisten überspringen die Theorie nicht direkt, sie beschäftigen sich vielleicht nicht so ausführlich damit. Ist ja schließlich keine Raketenwissenschaft die einem um die Ohren fliegt wenn man die Lüfter falsch anordnet, sonst währe dein Rechner schon explodiert.

Aber allen gemein ist die Tatsache das die Praxis ihnen zeigt ob ihre Theorie stimmt. Viele Leute lernen aus der Praxis einfach mehr als aus der Theorie. Auch das hilf beim Verstehen des Gesamtaufbaus.
Wie währe es mit einem Experiment, besorg dir etwas Rauch und schau dir an, wie die Luft sich im Gehäuse verhält.