Bei EFI-basierten Computern kommt anstelle der MBR-Partitionstabelle die neuere GUID Partition Table (GPT) zum Einsatz. Aus Gründen der Abwärtskompatibilität enthält jede GPT einen sogenannten Schutz-MBR. Dieser sorgt dafür, dass Betriebssysteme bzw. Programme, die noch nicht mit GPT zurechtkommen, statt eines leeren Datenträgers eine einzige Partition sehen, die über den ganzen Datenträger geht. Dieser Schutz-MBR lässt sich außerdem dazu benutzen, um MBR-basierte Betriebssysteme auf EFI-basierten Computern zu installieren, indem die Partitionen der GPT auf die MBR-Partitionstabelle abgebildet werden. Diesen Trick benutzt Apple bei seiner Boot-Camp-Software, die die Installation von Windows auf Intel-basierten Macs erlaubt. Auch die EFI-Applikation rEFIt kann mit dem Programm gptsync GPT und MBR-Partitionstabelle synchronisieren.