Hmm, an dem Lüfter lag's also auch nicht, tja, reichlich ominös, das Ganze
Der AC 64 ist zwar kein schlechter, aber auch nicht überragender Kühler, der Xigmatek müsste eindeutig bessere Ergebnisse liefern,
hier bei FrostyTech z.B. kühlte er selbst in der "low"-Einstellung (entspricht einer Drehzahl von ca. 1000 U/min) um rd. 8 ° C besser als der Freezer, zwar auf einer AMD 125 W TDP-Plattform, bei dem AMD 64 3800+ mit 89 W TDP müssten es aber immer noch ca. 5° sein (bzw. mehr bei Lüfter @ 12 V).
Du könntest noch einmal die Montage überprüfen und es evtl. mit neuer, sehr guter WLP probieren, die bekanntlich nur hauchdünn auf den Heatspreader aufgetragen werden soll. Sehr empfehlenswerte WLP sind neben der altbewährten AS 5 u.a. die Thermalright Chill Factor, Arctic Cooling MX 2, Noctua NT-H1 und OCZ Freeze. Die Liquid Pro scheidet hier ja aus, höchsten das Pad, ist allerdings nicht ganz einfach zu handeln...
Hast Du 'mal gecheckt, ob der Heatspreader des So. 939 auch groß genug ist, damit alle drei Heatpipes des Kühlers mit ganzer Fläche aufliegen? In allerletzter Konsequenz könnte es sich auch um einen Produktionsfehler handeln, wenn nämlich die drei abgeflachten Heatpipe-Unterseiten, die man
hier schön sieht, nicht genau plan mit der Kühlerplatte fluchten sollten, so dass sie keinen vollständigen Kontakt mit dem Heatspreader hätten: in diesem Fall müsste man die Zwischenräume mit WLP ausfüllen, was die Kühlleistung verschlechtern würde. Oder aber die Heatpipes selbst sind schadhaft, vor einiger Zeit hatte Scythe beim damaligen Infinity mit solchen Zuliefererproblemen zu kämpfen...
Allerdings habe ich bei Xigmatek bisher noch nie von solchen Produktionsfehlern gehört

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Falls Du die Möglichkeit hast, teste 'mal den Kühler in einem anderem PC bei einem Kumpel etc.
Viel Erfolg jedenfalls!
LG N.
edit: Auslesefehler ist natürlich immer möglich, allerdings könnte ich es mir nicht erklären, wieso er dann nur beim Xigmatek, nicht aber beim Freezer auftritt, denn der Sensor "weiß" ja nichts vom Kühlerwechsel...