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Da noch keine Daten auf der HDD und auf der SSD sind, würde ich vor der Neuinstallation von Windows beim Booten der Installtions-DVD Shift + F10 drücken, dann sollte sich eine Eingabeaufforderung öffnen. Da startest Du dann DISKPART löscht beide mit CLEAN.
Dazu gibst Du erst
LIST DISK
ein, dann erscheinen die Nummern, es dürfte 0 und 1 sein, dann
SELECT DISK 0
CLEAN
SELECT DISK 1
CLEAN
EXIT
erst danach fährst Du den Rechner runter und klemmst die HDD für die Neuinstallation auf der SSD ab. Danach ist die HDD nicht mehr partitioniert, hat also auch keine aktive Partition und keinen Bootcode im MBR mehr.