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Wenn du die Ordnerstruktur beibehälst und den Laufwerksbuchstaben nach dem Kopieren anpasst, merkt kein Programm etwas davon. Alle wichtigen Einstellungen sind in der Registry und die Daten werden dann ja alle kopiert.
Wobei klonen, z.B. mit Ghost trotzdem einfacher und schneller wäre. Der Windows copy handler ist einfach schei*e und stellt dir tausende von Fragen und WARTET bis du was bestätigst.
Ghost schiebt das Zeug einfach rüber während du was anderes machst, fernab des PC
Was soll denn Windows fragen, wenn du Daten von Platte a auf die leere Platte b schiebst?...Was den Vorgang evtl beschleunigt ist das Abstellen der AV für die Zeit.