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Sag uns, um welches Programm es dir geht. Du bist sicherlich nicht der einzige mit dem Wunsch und sehr wahrscheinlich hat sich für den Betrieb dieses Programms ohne GUI bereits irgendeine sinnvolle Praxis etabliert, die du wahrscheinlich übernehmen kannst. Sonst wird dir niemand mehr als die 2 bereits genannten Standardlösungen(GUI deaktivieren, GUI auf X-Server mit virtuellem Display legen) empfehlen können.