Wenn du kein Thunderbolt hast, könntest du dir noch eine eSATA Slotblende in den Mac bauen (sofern es ein MacPro ist). Bei eigentlich allen MacPros ist noch irgendwo ein freier SATA Anschluss (gedacht für ein zweites optisches Laufwerk) und da kannst du die Slotblende anschließen.
OSX kann zwar kein Hotswap bei eSATA, aber wenn du die Platte erst dranhängst, und dann den Rechner hochfährst, ist sie als normale SATA Platte eingebunden, und auch so schnell wie eine interne (also so schnell die Platte eben kann - fürs OS sollte das möglichst eine 7200 Umdrehungen Platte sein).
Für eine Systemplatte brauchst du ja sowieso kein Hotswap (=Wechsel der Platte im laufenden Betrieb) also wäre eSATA beim Macpro eine gute Lösung, wenn du dir zutraust, den freien SATA Port zu finden, und so ein Slotblech anzuschließen.
Wenn du das alles nicht hast, bleibt dir noch FireWire2 als Kompromiss. Das limitiert Festplatten zwar etwas, aber es würde noch gehen von der Geschwindigkeit her, ich glaube so real 70MB/s sind da schon drin, vielleicht sogar etwas mehr.
Was du auf jeden Fall für eine Systemplatte vergessen kannst, ist USB 2.0. Das ist einfach zu lahm, damit macht es keinen Spaß.
Und natürlich, wie meine Vorredner schon gesagt haben, eine SSD ist natürlich als Bootlaufwerk besonders geeignet. Das lohnt sich aber nur bei schnellen Anschlüssen wie Thunderbolt oder eSATA.
Bei FireWire 2 brauchst du keine SSD, das lohnt sich kaum.