Angesichts der drei an die PCH angebundenen PCIe-Slots und der Anzahl an verbauten Zusatzchips wird klar, dass es ohne den Einsatz eines PCIe-Switches Kompromisse bei der Verteilung der acht zur Verfügung stehenden PCIe-Lanes des Chipsatzes geben muss. Neben den drei PCIe-Slots wollen noch zwei USB-3.0-Controller, zwei SATA-Controller und eine PCIe-zu-PCI-Brücke mit je einer PCIe-Lane versorgt werden. ASUS bietet dem User im UEFI-Bios insgesamt drei Optionen zur Auswahl, wie die Verteilung der PCIe-Lanes erfolgen soll.
Variante 1: Bei der Einstellung "Auto Mode" werden alle Onboard-Komponenten versorgt und der dritte PCIe-x16-Slot ist mit einer PCIe-Lane angeschlossen. Auf den zweiten PCIe-x1-Slot, der im Normalfall meist durch eine Grafikkarte in Dualslot-Bauweise blockiert wird, muss man verzichten.
Variante 2: Im "X4 Mode" ist der dritte PCIe-x16-Slot mit vier PCI-Lanes angebunden, wodurch er sich für High-Speed-Anwendungen eignet. Allerdings sind in diesem Betriebsmodus beide PCIe-x1-Slots sowie der eSATA- und der zweite USB-3.0-Controller deaktiviert.
Variante 3: Im "X1 Mode" sind der schwarze PCIe-x16-Slot sowie beide PCIe-x1-Slots aktiv und mit jeweils einer PCIe-Lane angeschlossen. Der eSATA-Controller ist ebenfalls aktiv, aber dafür ist der zweite USB-3.0-Controller ausser Betrieb.
Auch wenn die "Qual der Wahl" beim User hängen bleibt, hat ASUS sich hier ein sinnvolle Lösung einfallen lassen. Sicher wäre es auch eine Option gewesen, einen PCIe-Switch zu verbauen, aber die Aufteilung in der Einstellung "Auto Mode" sollte für die meisten User gut funktionieren. PCIe-Karten, die eine x4-Anbindung nutzen können, sind eher selten und der PCIe-x1-Slot direkt unter dem ersten PCIe-x16-Slot ist in der Praxis meist durch die Grafikkarte blockiert. Positiv am P8Z68-V Pro ist, dass der erste PCIe-x1-Slot nicht durch Kühlkörper eingeschränkt wird und somit auch gut zu nutzen ist. Für die Freunde alter PCI-Karten sind auch zwei PCI-Slots vorhanden.