Das könnte an UASP liegen.
https://de.wikipedia.org/wiki/USB_Attached_SCSI
MacOS und UASP sind so eine Sache. Apple fummelt da ständig an den Treibern rum und manchmal deaktiviert sich UASP nach einem Update und dann bricht die Perfomance weg. Ob es aktiviert ist oder nicht, kann man herausfinden:
https://discussions.apple.com/thread/6164330
PS: Bei Reddit schreibt jemand:
"I’ve done some research. Seems this is a long standing issue. Doubt it will get fixed soon. The issue is that apples new file system APFS is not fully supported over USB (something to do with the SSD TRIM function). Reformatting to HFS+ will solve this problem. I did this Friday night and am happy to report that boot times are now very fast and system responsive also seems improved. Down side is that some of the SSD functions that help increase SSD longevity will no longer function. But most SSDs now do this themselves via internal hardware and people survived using HFS+ for years without issue. Also since TRIM isn’t working over USB anyway your already failing to benefit. So I think for now reformatting your disk to HFS+ is a viable long term solution."
PS2:
Daran liegt es wohl. Beim Updaten auf Mojave wurde deine SSD auf das neue Dateisystem umformatiert, nur unterstützt das neue Dateisystem einige elementare Funktionen nicht über USB. Deshalb dauert das Booten so lange.
Du hast 3 Optionen:
1. Du wechselst zurück zu High Sierra und formatierst deine SSD zurück zu HFS+ (Mojave geht nur mit APFS)
2. Du machst deinen Mac auf und baust die SSD ein
3. Du kaufst dir ein teures Thunderbolt Gehäuse für deine SSD (kostet mind. 100€)
Das sind deine Optionen, eine Vierte gibt es nicht. Es sei denn die lange Bootzeit zu akzeptieren wäre für dich eine Option.