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hmm, da würde mir nur ein batch-scipt einfallen, das du statt dem progamm ausführst. so in der art:
-starte programm
-priorität niedrig setzten
-programm in den hintergrund
dann das script z.b als verknüpfung auf dem desktop und statt dem programm benutzen, sollte dein problem löschen.
allerdings kenne ich mich mit batch-scripts unter win nicht aus, kann dir also nicht sagen, wie das script genau aussehen müsste.