Da ich in diesem bereich sehr auf Performance und Qualität achte, um Ausfälle zuvermeiden, würde ich gerne einige Meinungen hören.
Auf Qualität zu achten ist sicherlich nicht verkehrt, aber man sollte sich nicht allein darauf verlassen. Viel wichtiger als die scheinbare "Qualität" des Produktes ist es die Daten regelmäßig zu sichern. Denn jede Festplatte, egal wie hoch die Qualität auch sein mag, kann jederzeit ausfallen.
Um auf deine eigentliche Frage zurückzukommen, hier erst mal eine Auflistung der theoretischen max. Transferraten bzw. Bandbreiten der Schnittstellen.
Firewire400 aka IEEE 1394a -> 400 Mbit/s = 50 MByte/s
USB2.0 -> 480 Mbit/s = 60 MByte/s
eSATA -> 3 Gbit/s = 300 MByte/s
Diese Bandbreiten stellen die theoretischen maximal möglichen Transferraten dar, die in der Praxis aber nicht erreicht werden. Neben dem Protokolloverhead, der abgezogen werden muss, ist bei USB und Firewire auch der verwendete Bridge-Chip des externen Festplattengehäuses entscheidend über die Leistung. eSATA benötigt keinen Bridge-Chip, da das Signal einfach nur durchgeschliffen wird. Mit aktuellen Bridge-Chips sind über Firewire400 max. ca. 40 MB/s drin und über USB max. ca. 35 MB/s. USB ist trotz der theoretisch höheren Bandbreite in der Praxis langsamer als Firewire. Aktuelle Festplatten, die über 100 MB/s übertragen können, werden von der Firewire- und der USB-Schnittstelle bereits ausgebremst. Anders bei eSATA, da eSATA quasi einen nach außen gelegten, etwas an die Anforderungen angepassten, internen SATA-Port darstellt. Die Leistung einer per eSATA angeschlossenen Festplatte ist also dieselbe, als wäre sie intern angeschlossen.
eSATA steckt aber leider noch in den Kinderschuhen und hat noch mit der ein oder anderen Kinderkrankheit zu kämpfen. Speziell das Hot-Plug-Feature macht oft noch Probleme. Mit anderen Worten bietet eSATA zwar die höchste Bandbreite, ist in der Praxis aber noch nicht ganz unproblematisch.
USB ist die am weitesten verbreitete Schnittstelle von den dreien und hat dementsprechend die höchste Kompatibilität (sollte die externe Festplatte auch an anderen Rechnern angeschlossen werden). Nachteil der USB-Schnittstelle ist, dass auch weitere USB-Gerät (Maus, Tastatur usw.) am Bus hängen und die Bandbreite bei gleichzeitiger Benutzung weiter einbricht. Schon das Bewegen der Maus (sofern über USB angeschlossen) reicht aus, damit die Transferrate der Festplatte etwas abfällt.
Da bei Firewire die Festplatte in der Regel ganz allein am Bus angeschlossen ist, gibt es diese "Problem" hier nicht. Abgesehen davon ist bei Firewire die CPU-Belastung in der Regel niedriger als bei USB.
Meine Empfehlung wäre ein Gehäuse mit Firewire400 und USB2.0 Schnittstelle. So hat man die größtmögliche Kompatibilität und man kann auch die etwas bessere Firewire-Schnittstelle nutzen. Auf eSATA solltest du nur zurückgreifen, wenn sichergestellt ist, dass die Festplatte an dem Rechner, an dem sie hauptsächlich angeschlossen werden soll, einwandfrei funktioniert. Ansonsten würde ich derzeit noch die Finger von eSATA lassen.