Wie FreddyMercury schon angedeutet hat, geht es da wohl auch nicht primär um einen client-seitigen Vorteil, da Java doch eher sehr selten zu Einsatz kommt, oder laufen bei euch Betriebssystem, Spiele oder Programme auf/in Java oder .NET? (+Ausnahmen).
Sinn macht es z.B. bei Back-End Server-Software. Also so wie ihr euer PHP in eurer Homepage einsetzt, setzten "Enterprise"-Anwendungen auf Java und .NET (ohne mal auf die Vor- oder Nachteile einzugehen).
Info für Unwissende:
PHP -> Modul in Apache (HTTP) Server
Java -> "Servlet Container" im Apache Tomcat
bis auf eine eventuelle andere Dateierweiterung, (eigentlich beliebig aber in der Regel: PHP -> .php; Java -> (.jsp /.do/.jsf), nicht zu unterscheiden.
Da hat man dann einen 4-Kern Operton Server mit 32GB Ram und 500 GB Festplatte und betreibt dort 1-5 Tools, die für 10-100 User (simultan) ausgelegt sind. z.B. Online shops oder firmen-interne Verwaltung.
Wenn da 10% oder 15% mehr Leistung zu Verfügung steht, freut sich der Geldbeutel